Hidrologie
Nodul hidrografic este constituit de Platoul Padisului, faţă de care apele curgătoare se orientează radial. Unele ape au atât un curs de suprafaţă normal, cât şi sectoare de curs subteran. Structura rocilor, respectiv caracterul permeabil al rocilor calcaroase şi impermeabilitatea şisturilor, gresiilor şi argilelor, constituie elementul determinant al configuraţiei reţelei hidrografice, mai ales al celei subterane.
Crişul Pietros are ca principali afluenţi: Valea Aleului, Valea Sebişelului, Valea Boga, Valea Galbenei, Valea Luncşoara.
Crişul Băiţa are ca afluenţi principali: Hoanca Moţului, Valea Mare şi Valea Sighiştelului. Aceste ape au în general debite constante şi nu produc eroziuni ale solului, mai ales în zonele împădurite.
Valea Belişului îşi are obârşia sub Dealul Roşu (jud. Alba). Principalii afluenţi sunt pârâul Roşu, Valea Călineasa, pârâul Fulgerata, pârâul Ciurtuci şi pârâul Potrii. De pe partea dreaptă colectează Apa Caldă, Valea Vijanului, pârâul Olteanu şi pârâul Monoşel. Apele nu au caracter torenţial şi nu produc pagube datorită faptului că pe porţiuni însemnate circulă în subteran.
Lacul de acumulare Fântânele situat la 1 050 m altitudine are o suprafaţă de 826 ha şi s-a format în urma barării Văii Someşului Cald în aval de confluenţa sa cu pârâul Beliş. Are un volum de 225-250 milioane m3 de apă. Din lacul de acumulare, apa este deviată printr-un tunel de 8,475 km, până la turbinele Centralei Hidroelectrice Mărişel.
Râul Arieşul Mare izvorăşte din Şaua Vârtop şi are ca afluenţi mai importanţi: Cobleş, Gârda Seacă, pârâul Popasului şi râul Albacului.
Apele de adâncime, reprezentate în majoritate de cele din zona endocarstului, reprezintă o rezervă importantă şi sunt o sursă de alimentare / realimentare a reţelei de suprafaţă.
Platoul Ocoale – Scărişoara este suspendat la peste 100-200 m faţă de văile din jur (Gârda şi Ordâncuşa) şi are o suprafaţă de 16 km2. Apele platoului circulă pe căi subterane şi apar la suprafaţă prin Izbucul Coteţul Dobreştilor din bazinul Văii Gârda Seacă
Habitate
Peisajul natural variat al Munţilor Apuseni conţine ecosisteme cu o valoare semnificativă din punct de vedere al conservării biodiversităţii. Caracterul specific al PNAp îl constituie insularitatea habitatelor, fiind axat pe cea mai complexă reţea carstică din România.
Insulariatatea habitatelor carstice este accentuată şi de natura diferită, jurasică sau triasică a depozitelor pe care au evoluat ecosistemele terestre. Majoritatea acestor zone este acoperită de făgete şi molidişuri, mai puţin specifice fiind ecosistemele de pajişti şi fâneţe. Tot insular apar şi stâncăriile versanţilor umbriţi şi semiumbriţi, ocupate cu vegetaţie specifică.
Insulele de ecosisteme evoluate pe calcare sunt separate între ele de ecosisteme evoluate pe roci de natură acidă. Aceste zone pot constitui adevărate bariere ecologice pentru fauna edafică, foarte puţin mobilă, barierele dintre mediile subterane ale peşterilor fiind şi mai evidente.
Foarte caracteristice pentru acest parc natural sunt şi ecosistemele turbicole, răspândite tot insular; flora şi vegetaţia acestor ecosisteme este edificată de specii boreale, relicte.
Alt caracter specific al PNAp îl constituie, prezenţa unor comunităţi endemice, de diferite nivele de integrare: specii endemice, comunităţi relictare, edafon endemic şi posibil chiar şi „ecosisteme endemice”, distribuite insular, mozaicat.
Tipurile principale de habitate protejate întâlnite în perimetrul PNAp şi care necesită arii speciale de conservare sunt enumeraţi mai jos (în conformitate cu Ordin nr. 1198 din 25/11/2005 pentru actualizarea anexelor nr. 2, 3, 4 şi 5 la Ordonanţa de urgenţă a Guvernului nr. 236/2000 privind regimul ariilor naturale protejate, conservarea habitatelor naturale, a florei şi faunei sălbatice, aprobată cu modificări şi completări prin Legea nr. 462/2001) (Mihăilescu, S., 2006 – date nepublicate; Negrean, G., Anastasiu, P., 2005):
Habitate de ape dulci
3220 Vegetaţie herbacee de pe malurile râurilor montane;
3260 Cursuri de apă din zonele de câmpie până la cele montane cu vegetaţie din Ranunculion fluitantis şi Caltitricho-Batrachion.
Habitate de pajişti şi tufărişuri
4030 Tufărişuri scunde / lande uscate europene;
4060 Tufărişuri scunde alpine şi boreale;
Pajişti naturale şi seminaturale
6120 * Pajişti xerice pe substrat calcaros;
6150 Pajişti boreale şi alpine pe substrat silicios;
6170 Pajişti calcifile alpine şi subalpine;
6190 Pajişti panonice de stâncării (Stipo-Festucetalia pallentis);
6210 Pajişti uscate seminaturale şi faciesuri cu tufărişuri pe substrat calcaros (Festuco-Brometea) (* situri importante pentru orhidee)
6230 * Pajişti montane de Nardus bogate în specii, pe substraturi silicioase;
6410 Pajişti cu Molinia pe soluri calcaroase, turboase sau argiloase (Molinion caeruleae);
6430 Comunităţi de lizieră cu ierburi înalte higrofile de la nivelul câmpiilor până la cel montan şi alpin;
6520 Fâneţe montane.
Habitate din turbării şi mlaştini
7110 * Turbării active;
7120 Turbării degradate capabile de regenerare naturală
7150 Comunităţi depresionare de Rhynchosporion pe substraturi turboase.
Habitate de stâncării şi peşteri
8110 Grohotişuri silicioase din etajul montan până în cel alpin (Androsacetalia alpinae şi Galeopsietalia ladani);
8120 Grohotişuri calcaroase şi de şisturi calcaroase din etajul montan până în cel alpin (Thlaspietea rotundifolii);
8160 * Grohotişuri medioeuropene calcaroase ale etajelor colinar şi montan;
8210 Versanţi stâncoşi cu vegetaţie chasmofitică pe roci calcaroase;
8220 Versanţi stâncoşi cu vegetaţie chasmofitică pe roci silicioase;
8310 Peşteri închise accesului public.
Habitate de pădure
9110 Păduri de fag de tip Luzulo-Fagetum;
9130 Păduri de fag de tip Asperulo-Fagetum;
9150 Păduri medioeuropene de fag din Cephalanthero-Fagion;
91D0 * Turbării cu vegetaţie forestieră;
91E0 * Păduri aluviale cu Alnus glutinosa şi Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae);
91F0 Păduri ripariene mixte cu Quercus robur, Ulmus laevis şi Ulmus minor, Fraxinus excelsior sau Fraxinus angustifolia, din lungul marilor râuri (Ulmenion minoris);
91K0 Păduri ilirice de Fagus sylvatica (Aremonio-Fagion);
91V0 Păduri dacice de fag (Symphyto-Fagion);
92A0 Zăvoaie cu Salix alba şi Populus alba;
9410 Păduri acidofile de Picea abies din regiunea montană (Vaccinio-Piceetea).
